El tema de la conquista de Navarra nunca ha sido cómodo para el nacionalismo vasco. Dicho tema comenzó a ser explotado por las generaciones de intelectuales navarros como Juan de Iturralde y Suit y Arturo Campión y luego se incorporó a la historiografía nacionalista vasca. Poco a poco el mito de la Navarra conquistada por las fuerzas opresoras de España se fue convirtiendo en un mensaje habitual en la turbulenta época conocida como sexenio, llena de reivindicaciones fueristas -que no secesionistas – frente a las tendencias centralizadoras de las monarquías liberales.
Guipuzcoanos y alaveses tuvieron una participación activa en la conquista como lo demuestra el archiconocido caso de Iñigo de Loyola -más tarde San Ignacio- , herido en 1521 cuando defendía Pamplona del ejército franconavarro enviado por Enrique de Albret para recuperar la ciudad. El nacionalismo se apoyó para contrarrestar el tema Loyola en la defensa del castillo de Maya y los hermanos de Francisco de Javier (el futuro San Francisco Javier) … pero prescindieron del detalle de que ambos hermanos, Azpilicueta y Jaso, se sometieron formalmente a Carlos I en 1524.
Otro tema recurrente siempre ha sido el de los doce cañones del escudo de Guipúzcoa, modificado en 1979 por la mayoría nacionalista de las juntas generales. Dichos cañones representaban a los tomados por los guipuzcoanos a los navarros en 1512 en el puerto de Velate. Las juntas acordaron la desaparición de los cañones del blasón y su sustitución por doce rodelas. Ay, la historia incómoda…
En realidad las causas de la pérdida de la independencia de Navarra hay que buscarlas en el carácter feudal de la corte de los Albret, muy poco evolucionada desde los tiempos de los Champaña o de los Evreux y en permanente colisión con las monarquías absolutas de Luis XI de Francia o Fernando el Católico.
Otra causa clara fue la propia geografía del solar navarro, un territorio muy pequeño entre reinos vecinos mucho más grandes y poderosos y que nunca tuvo una verdadera ambición de expansión territorial desde el siglo XIII. De hecho, a diferencia del pequeño reino de Asturias, el reino de Pamplona no participó apenas en la Reconquista. Los Arista de Pamplona, por ejemplo, conocieron un islam amistoso y colaborador.