El 24 de julio de 1794, durante la Guerra de la Convención, también llamada Guerra de los Pirineos, la villa de Burguete fue destruida totalmente por las tropas francesas. La estratégica posición de la localidad, muy cercana a la frontera con Francia, había motivado que la villa ya contara desde el siglo XVI con un una guarnición permanente por su condición de plaza fuerte y con una torre de defensa o fortaleza.
La Guerra de la Convención enfrentó a la monarquía de Carlos IV de España y la República de Francia entre 1793 y 1795, durante la existencia de la Convención o Asamblea Nacional Francesa, que había decidido el ajusticiamiento de Luis XVI de Francia (1793). La declaración de guerra se justificó por el apoyo que el rey de España había proporcionado al monarca francés pero en realidad fue la excusa perfecta para atacar a España, que era un aliado de Inglaterra y, ya de paso, ver si se conseguía incorporar Cataluña a la órbita de dominio francesa.
Además de Cataluña y el País Vasco, Navarra fue uno de los escenarios de la contienda. Los franceses ya habían intentado, sin éxito, una penetración por la parte de Zugarramurdi y Urdax, ambas incendiadas en su retirada. Burguete corrió la misma suerte un año después en una nueva ofensiva que había llevado a 14.000 soldados franceses llegados por el Baztán a concentrarse en Lanz y marchar por el este hasta Burguete. Otros 6.000 atravesarían la frontera para penetrar por Ochagavía y por Villanueva de Aézcoa.
En Burguete el ejército francés ocupó la villa y la incendió – fortaleza incluida – destruyendo todo el pueblo menos un puñado de casas. Para colmo, los militares franceses Garrau y Baudrot, del Ejército de los Pirineos Occidentales, informaron que las tropas españolas habían sido las responsables del incendio que destruyó la villa.
Por fortuna su acción no tuvo las consecuencias positivas importantes ya que la guerra cambió de signo con la llegada del invierno. Los españoles presentaron batalla y aunque los franceses habían ocupado el llano, el general invierno se presentó y castigó las tropas de la Convención con enfermedades, lluvias y nieves. Después de duras campañas en el País Vasco, la Paz de Basilea puso fin a la Guerra de los Pirineos en 1795.