La Orden de San Juan de Jerusalén (o del Hospital) surgió a mediados del siglo XI en una comunidad que atendía a los peregrinos en un hospital de Jerusalén adjunto a la iglesia de San Juan. Papas y reyes les respaldaron fuertemente ya que a los votos religiosos añadieron el voto de armas para colaborar con los cruzados en la defensa de la Tierra Santa y fundaron numerosos establecimientos en el occidente de Europa para financiar sus actividades en Oriente.
La villa de Cabanillas aparece citada por primera vez en el año 1124 en un documento en el que el rey Alfonso el Batallador otorga un fuero a sus habitantes. Tan sólo 18 años después, en 1142, el rey navarro García Ramírez el Restaurador cede los términos de Cabanillas y Fustiñana a la orden de San Juan de Jerusalén, con fuerte implantación en la Corona de Aragón, que será la encargada de construir el templo siguiendo los cánones artísticos de la época y que se convertirá, con el paso de los siglos, en el templo románico más meridional de toda Navarra.
Se trata de una iglesia románica primitiva de una sola nave, con tres pasillos señalados por haces o agrupaciones de columnillas sobre amplios pilares semicirculares. Una bóveda gótica del siglo XV cubre la parte central del templo mientras que el ábside octogonal está cubierto con una bóveda de cuarto de esfera.
La luz entra por las típicas ventanas de medio punto del románico, cuyas arquivoltas exteriores -molduras concéntricas- tienen ménsulas o salientes con figuras animales y humanas. La portada exterior está decorada con animales fantásticos y en una de sus arquivoltas se puede ver la figura de un monje vestido con los hábitos de la Orden religioso-militar de San Juan de Jerusalén.
