Los documentos de la Cámara de Comptos del Archivo de Navarra nos permiten precisar su emplazamiento en la bajada de Javier, la calle de la Merced, la calle Juan de Labrit, una parte de la Ronda Barbazana, el Palacio Arzobispal y la calle Dormitalería.
Varios documentos nos confirman, además, que la judería estaba rodeada por un muro, levantado sorprendentemente en época de Carlos el Calvo no para aislar a los judíos, sino para protegerlos de la animadversión de los cristianos. Se sabe que a lo largo del siglo XV varios judíos habían traspasado la cerca de separación y vivían entre los cristianos, con el consiguiente conflicto vecinal. Los Registros de Comptos de los siglos XIV y XV certifican que en la judería pamplonesa habitaban entre 100 y 150 familias.
Los judíos tenían un mercado distinto del de los cristianos y se localizaba en torno a la Alcacería, aunque no se conoce su localización exacta en Pamplona. Sí que se sabe que la venta se efectuaba los lunes, martes y miércoles de cada semana. Junto a la alcacería se hallaban los panaderos y los puestos del mercado. El lugar donde estuvo la sinagoga no admite ninguna duda: el solar del actual Retiro Sacerdotal y de parte de la Plaza de Santa María la Real. Después de la expulsión de los judíos de Navarra en 1498, fue comprada por los frailes Mercedarios para reconstruir su convento y la iglesia de Santa Eulalia.
Se tienen noticias de la existencia de una judería ya en el año 1063. El rey Sancho el Sabio otorgó en 1154 un privilegio autorizando a la Iglesia para que pudiera admitir judíos en Pamplona y en otros lugares, quedando en su beneficio los ingresos que generasen los nuevos moradores. Durante la cruenta guerra de los burgos de 1276 fue arrasada junto con la Navarrería, hasta su reconstrucción a partir de 1320. En la Carta de Repoblación de la Navarrería, otorgada por Carlos el Calvo en 1324, entre los derechos que se reservó el rey, estaba el de tener en ella una judería. La expulsión de los judíos de Navarra fue decretada en el año 1498 por los reyes Juan de Labrit y Catalina de Foix y tuvo como consecuencia inmediata el cambio de nombre del barrio de la Judería por el de Barrio Nuevo.
A mediados del siglo XVI esta denominación alternaba con el de la rúa de la Judería, que era la actual calle de la Merced. Consta la existencia de los dos portales que abrían al exterior la antigua Judería: el Portal del Río, cuyo emplazamiento coincide con la esquina del Palacio Arzobispal que da a la ronda de la Barbazana y que era el comienzo del camino que conducía al molino de Garci-Marra, el hoy conocido como Molino de Caparroso, y también al cementerio de los Judíos, situado fuera de las murallas exteriores de la ciudad, hacia las huertas de la Magdalena. El otro portal se conocía como de la Fuente Vieja, y se situaba al final de la actual calle de la Merced o antigua rúa de la Judería. El nombre le venía de una fuente que existía cerca del frontón Labrit.
